Taller Latinoamericano y del Caribe sobre Secuenciación de Próxima Generación Dirigida para Mycobacterium tuberculosis Resistente
Panamá, 12 de julio de 2024. El Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT AIP) y el Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (ICGES) organizaron el Taller Latinoamericano y del Caribe sobre Secuenciación de Próxima Generación Dirigida para Mycobacterium tuberculosis Resistente. Este taller se llevó a cabo del 8 al 12 de julio, en las instalaciones de INDICASAT AIP, Ciudad del Saber, República de Panamá.
La tuberculosis es una enfermedad prevenible y curable, causada por la bacteria Mycobacterium tuberculosis. Según el Informe Mundial sobre la Tuberculosis 2023, en el año 2022 se diagnosticaron 7.5 millones de personas con tuberculosis por primera vez; la cifra más alta desde que la Organización Mundial de la Salud (OMS) inició el seguimiento mundial de esta enfermedad en 1995. Adicionalmente, se estima que 410,000 pacientes desarrollaron tuberculosis con algún tipo de resistencia a medicamentos, pero menos de la mitad iniciaron el tratamiento correspondiente[1]. Es por lo que es necesario ampliar el acceso a pruebas de farmacoresistencia y lograr que más pacientes inicie el tratamiento correspondiente lo más pronto posible.
La tecnología de secuenciación dirigida de nueva generación (NGS) combina la amplificación selectiva de genes con la tecnología de secuenciación de nueva generación. Esto permite la detección de resistencia a fármacos en una sola prueba. Recientemente, la OMS publicó las 1) guías consolidadas y 2) manual operativo de tuberculosis: Modulo 3 sobre diagnóstico rápido de tuberculosis[2],[3], donde se aportan las recomendaciones para el uso de NGS dirigida. La guía recomienda el uso de NGS en pacientes con tuberculosis confirmada bacteriológicamente y tuberculosis resistente confirmada bacteriológicamente, salvo algunas condiciones. Deeplex® Myc-TB, de Illumina, es una prueba basada en la secuenciación masiva que permite la identificación, genotipado y predicción de la resistencia a los antibióticos a nivel de especie en cepas del complejo Mycobacterium tuberculosis. Por tal motivo, resulta esencial la pronta implementación de NGS en los países de la región Latinoamericana y del Caribe.
El objetivo del taller teórico-práctico era entrenar a laboratoristas y científicos de Latinoamérica y el Caribe en el uso, aplicación de los métodos y plataforma para determinar las mutaciones puntuales de resistencias del Mycobacterium tuberculosis. Adicionalmente los participantes pudieron conocer las experiencias regionales y aplicaciones actuales para salud pública e investigación y desarrollo.
El taller fue inaugurado el pasado lunes 8 de julio con las palabras de bienvenida por parte del Dr. Ricardo Lleonart, Director Interino del INDICASAT AIP; Dra. Rosalba González, Directora de Investigación y Desarrollo Tecnológico del ICGES; Ing. Milagro Mainieri, Directora de Investigación y Desarrollo (I+D) de la Secretaría Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SENACYT); Dr. Ernesto Montoro, Coordinador de Laboratorios de Tuberculosis de la Organización Panamericana de la Salud (OPS); y el Dr. Carlos Gartner, Coordinador del Programa Nacional de Tuberculosis de la Caja de Seguro Social (CSS).
A lo largo de 5 días, participantes de Ecuador, Panamá, Guatemala, Perú y Bolivia tuvieron la oportunidad de participar en sesiones teóricas y prácticas.
Las sesiones teóricas estuvieron a cargo de expositores profesionales de laboratorios de referencia y de investigación científica de Latinoamérica:
- Ernesto Montoro de la OPS, EEUU, que presentó sobre la actualización del diagnóstico en el laboratorio de tuberculosis.
- Nazir Ismail, Sudáfrica, que presentó las recomendaciones de la OMS para el uso de secuenciación dirigida de nueva generación (NGS).
- Andrea Cabbibe, Italia, que presentó la implementación de NGS para detección de resistencia en tuberculosis.
- Dilcia Sambrano de INDICASAT, Panamá, que presentó sobre la seguridad y bioseguridad en el laboratorio de biotecnología y genómica.
- Fermín Acosta y Lic. Priya Patel de INDICASAT, Panamá, que presentaron sobre la extracción de ADN.
- Federico Lorenzo, Instituto Malbran en Argentina, que compartió el uso de secuenciación de genoma completo en tuberculosis: Experiencia con Illumina.
- Monserrath Rodríguez, de Illumina, EEUU, que presentó el Deeplex® Myc-TB.
- Deborah Pérez, de BioLab, Panamá, que presentó el flujo de trabajo con el Deeplex® Myc-TB y mejores prácticas.
- Gloribel Vergara, de BioLab, Panamá, que presentó sobre la tecnología de secuenciación de Illumina y la importancia de realizar control de calidad.
- Ethel Salazar, de Illumina, EEUU, que presentó sobre la preparación del equipo MiSeq y el análisis de resultados del Deeplex® Myc-TB.
- Luis Narváez, México, que compartió las experiencias de implementación del Deeplex® Myc-TB en México y su aplicación en casos clínicos de tuberculosis farmacorresistente.
- Fermín Acosta de INDICASAT-AIP, Panamá, que compartió sobre la experiencia de secuenciación de genoma completo para la caracterización de la M. tuberculosis linaje Beijing en Panamá.
- Samantha Rosas del ICGES, Panamá, que compartió sobre la red de laboratorios de tuberculosis en Panamá y la integración de herramientas moleculares.
- Christophe Sola, Universidad Paris-Saclay, Francia, que compartió sobre la herramienta TB-Annotator, una aplicación web escalable que permite analizar en profundidad conjuntos muy amplios de genomas complejos de Mycobacterium tuberculosis disponibles públicamente.
Y en las sesiones prácticas, los participantes tuvieron la oportunidad desarrollar habilidades en la realización de pruebas de NGS dirigidA de Deeplex® Myc-TB de illumina, como:
- Extracción de ADN de Mycobacterium tuberculosis
- Enriquecimiento del ADN
- Verificación de la calidad del ADN
- Preparación de las muestras para NGS dirigida
- Verificación de la calidad de las muestras para NGS dirigida
- Preparar y realizar la corrida de NGS dirigida
- Obtención y análisis de datos
- Interpretación de los datos
Dentro de las actividades del taller, los asistentes también pudieron conocer las instalaciones de la empresa BioLab Internacional, representantes de la marca Illumina en Panamá, y realizar una visita a las Esclusas de Miraflores del Canal de Panamá.
Para lograr la meta de poner fin a la epidemia de tuberculosis para el 2030, es necesario traducir los compromisos adquiridos en la reunión de alto nivel sobre la tuberculosis de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) de 2023, como el fomentar y fortalecer la investigación de la tuberculosis al crear entornos propicios entre los Estados Miembros1,[4]. Este tipo de actividades permiten que los países intercambien experiencias, mejores prácticas y adquieran conocimiento de las nuevas tecnologías disponibles. Trabajando juntos, como región, garantizaremos que nadie se quede atrás en la lucha contra la tuberculosis.
Esta actividad contó con el apoyo de Illumina, Biolab Internacional, Ciudad del Saber, la Secretaría Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SENACYT), y el Sistema Nacional de Investigación (SNI) de Panamá.
Sobre el INDICASAT-AIP: Asociación de interés público con la misión de establecerse como una plataforma para el avance científico y tecnológico de Panamá, contribuyendo a la formación de recursos humanos de excelencia en la investigación y desarrollo aplicado a las diferentes disciplinas prioritarias para el avance del país. Conoce más en https://indicasat.org.pa/.
Para más información, contactar a:
Amador Goodridge
Investigador y miembro del comité organizador
Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios
de Alta Tecnología (INDICASAT AIP)
Correo: agoodridge@indicasat.org.pa
Tel. 517-0722
[1] Global tuberculosis report 2023. Geneva: World Health Organization; 2023. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. https://www.who.int/publications/i/item/9789240083851
[2] WHO consolidated guidelines on tuberculosis. Module 3: diagnosis – rapid diagnostics for tuberculosis detection, third edition. Geneva: World Health Organization; 2024. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. https://www.who.int/publications/i/item/9789240089488
[3] WHO operational handbook on tuberculosis. Module 3: diagnosis – rapid diagnostics for tuberculosis
detection, third edition. Geneva: World Health Organization; 2024. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. https://www.who.int/publications/i/item/9789240089501
[4] Resolución A/RES/78/5 – Declaración política de la reunión de alto nivel sobre la lucha contra la tuberculosis. Nueva York: Organización de las Naciones Unidas; 2023. https://daccess-ods.un.org/access.nsf/Get?OpenAgent&DS=A/RES/78/5&Lang=S
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