Centro de Bioinformática

Bioinformática

El Centro de Bioinformática fue establecido en 2013 con el ensamblaje y puesta a punto de un clúster de computación de alto rendimiento financiado parcialmente con el apoyo del Sr. Arturo Melo (q.e.p.d.). Este clúster, que continúa funcionando en la actualidad, fue utilizado para completar el proyecto inicial llevado a cabo por el grupo: la secuenciación del genoma del parásito Leishmania panamensis, el primer proyecto de secuenciación de un genoma llevado a cabo íntegramente en Panamá. El centro cuenta además con un aula de cómputo con 12 terminales gráficas de pantalla táctil que han sido ampliamente utilizadas en cursos y talleres orientados a promover el aprendizaje de la bioinformática y áreas afines. Esta infraestructura se complementó recientemente con la adquisición de un potente clúster híbrido de computación paralela, financiado por la SENACYT, que permitirá la corrida de trabajos intensivos de cómputo tanto en procesadores convencionales como gráficos de nueva generación y que será accesible a toda la comunidad científica nacional.

Además del proyecto de secuenciación del genoma de Leishmania panamensis, que fue culminado en el año 2015, el Centro de Bioinformática ha desarrollado varias líneas de investigación enmarcadas en las áreas de biociencias y biotecnología, incluyendo la genómica de microrganismos causantes de enfermedades y la estructura de las biomoléculas de interés práctico. Como resultado de estas líneas se han establecido fructíferas colaboraciones con grupos nacionales e internacionales, tales como el Centro de Biología Celular y Molecular de Enfermedades de INDICASAT AIP, el Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (ICGES) y la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad de La Florida y la Universidad de Tennessee en los Estados Unidos. Recientemente, el centro participó además en un proyecto en colaboración con el Laboratorio Nacional de Trasplante de la Caja de Seguro Social (CSS) que logró caracterizar la composición genética de la población panameña, con notables implicaciones para la planificación futura de estrategias de salud.

Durante los primeros meses de la pandemia de COVID-19, el centro participó también activamente en la recolección y análisis de genomas del virus SARS-CoV-2 y otros betacoronavirus relacionados. En el contexto de este trabajo, se creó un recurso en línea para la sistematización de las características filogenéticas de estas secuencias, el cual se encuentra accesible de manera pública en nuestro sitio web. Posteriormente, el grupo ha estado involucrado también en la evaluación computacional de posibles candidatos a antivirales para el tratamiento de la infección con SARS-CoV-2, en colaboración con la Universidad de Texas San Antonio.

Dr. ricardo

Dr. Ricardo Lleonart

Investigador

Alejandro Llanes

Alejandro Llanes

Investigador

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Dr. Carlos Restrepo

Investigador Postdoctoral

Dra. Velmarini Vásquez

Dra. Velmarini Vásquez

Investigador Postdoctoral