Dr. Alejandro Llanes

Formación:

  • Licenciatura en Bioquímica con énfasis en Bioinformática, Universidad de la Habana, Cuba.
  • Doctorado en Biotecnología, Acharya Nagarjuna University/INDICASAT AIP.

Cargo:

  • Investigador del Centro de Biología Celular y Molecular de Enfermedades (CBCME), Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología (INDICASAT AIP).

Área de investigación

  • Bioquímica y bioinformática.
Líneas de investigación principales
  • Implementación de sistemas de computación científica de alto rendimiento para resolver problemas biológicos en las áreas de análisis de secuencias de ADN y bioinformática estructural.
  • Genómica de microorganismos protozoarios y bacterianos causantes de enfermedades.
  • Modelación molecular de la interacción de proteína-ligando con aplicación al diseño de nuevas vacunas y medicamentos.
Líneas de innovación e implementación metodológica
  • Unidades de computación paralela de alto rendimiento para el análisis de datos biológicos.
  • Sistemas computaciones táctiles para la visualización de la estructura 3D de las biomoléculas.
  • Secuenciación, ensamblaje y anotación de genomas de microorganismos patógenos con aplicación a especies de Leishmania, Leptospira y Anaplasma, entre otros.
  • Evolución molecular y filogenética aplicada a microorganismos causantes de enfermedades, incluyendo SARS-CoV-2 (COVID-19).
  • Aplicación de estrategias predictivas para la identificación de epítopes de células B y T para el diseño de vacunas en el marco de la estrategia de vacunología inversa.
Colaboraciones
  • Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios en Salud (ICGES), Panamá.
  • Facultad de Medicina, Universidad de Panamá, Panamá.
  • Laboratorio Nacional de Trasplante de la Caja de Seguro Social (CSS), Panamá.
  • Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, España.
  • Escuela de Medicina Veterinaria, Universidad de Tennessee, Knoxville, TN, EE.UU.
  • Departamento de Química de la Universidad de Texas San Antonio, TX, EE.UU.

Premios y reconocimientos

  • Miembro del Sistema Nacional de Investigación (SNI), Panamá, Investigador Nacional II, Marzo 2023.
  • Beca de viaje para asistir al Programa Research Explorer Ruhr. Rurh Univerität Bochum, Bochum, Alemania, Junio 2019.
  • Beca de viaje para asistir al Taller Next-generation Sequencing Bioinformatics. Wellcome Trust Advanced Courses, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile, Enero 2019.
  • Miembro del Sistema Nacional de Investigación (SNI), Panamá, Estudiante de doctorado, Noviembre 2017.
  • Beca de viaje para asistir al Taller Parasite Database Resources. Wellcome Trust Advanced Courses, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, Reino Unido, Octubre 2013.

Publicaciones seleccionadas

Primer autor
  1. Restrepo, CM, Llanes A, Herrera L., Ellis E., Lleonart R., Fernández PL (2021) Gene expression patterns associated with Leishmania panamensis infection in macrophages from BALB/c and C57BL/6 mice. PLOS Neg Trop Dis 15(2): e0009225.
  2. Llanes A, Cruz G, Morán M, Vega C, Pineda VJ, Ríos M, Penagos H, Suárez JA, Saldaña A, Lleonart R, Restrepo CM(2022) Genomic diversity and genetic variation of Leishmania panamensis within its endemic range. Genet. Evol.103:105342.
  3. Llanes A, Cruz H, Nguyen VD, Larionov OV, Fernández PL (2021)A Computational Approach to Explore the Interaction of Semisynthetic Nitrogenous Heterocyclic Compounds with the SARS-CoV-2 Main Protease. Biomolecules 11(1):18.
  4. Llanes A, Ortiz L, Moscoso J, Gutierrez G, Blake E, Restrepo CM, Lleonart R, Cuero C, Vernaza-Kwiers A (2021)HLA allele and haplotype frequencies in the Panamanian population. Human Immunol 82(1):5-7.
  5. Llanes A, Restrepo CM, Caballero Z, Rajeev S, Kennedy MA, Lleonart R (2020)Betacoronavirus genomes: How genomic information has been used to deal with past outbreaks and the COVID-19 pandemic. Int J Mol Sci 21(12):4546.
  6. Llanes A, Prakoso D, Restrepo CM, Rajeev S (2020)Complete genome sequence of a virulent Leptospira interrogans serovar Copenhageni strain, assembled with a combination of Nanopore and Illumina reads. Microbiol Resour Announc 9(17):e00200-20.
  7. Llanes A, Rajeev S (2020)First whole genome sequence of Anaplasma platys, an obligate intracellular rickettsial pathogen of dogs. Pathogens 9(4):277.
  8. Llanes A, Restrepo CM, Lleonart R (2018)VianniaTopes: a database of predicted immunogenic peptides for Leishmania (Viannia) species. Database 2018:bay111.
  9. Llanes A, Restrepo CM, Rajeev S (2016) Whole genome sequencing allows better understanding of the evolutionary history ofLeptospira interrogans serovar Hardjo. PLoS ONE 11(7), e0159387.
  10. Llanes A, Restrepo CM, Del Vecchio G, Anguizola FJ, Lleonart R (2015) The genome of Leishmania panamensis: insights into genomics of the (Viannia) subgenus. Sci. Rep. 5, 8550.

Publicaciones seleccionadas

Segundo autor
  1. Restrepo CM, Llanes A, Herrera L, Ellis E, Quintero I, Fernández PL (2025) Baseline gene expression in BALB/c and C57BL/6 peritoneal macrophages influences but does not dictate their functional phenotypes. Exp Biol Med 249, 10377.
  2. Barbosa LN, Llanes A, Madesh S, et al. (2024) Enhancement of clinical signs in C3H/HeJ mice vaccinated with a highly immunogenic Leptospira methyl-accepting chemotaxis protein following challenge. PLOS Neg Trop Dis 18 (9), e0012155.
  3. Ayala A, Llanes A, Lleonart R, Restrepo CM (2024) Advances in Leishmania Vaccines: Current Development and Future Prospects. Pathogens 13 (9), 812.
  4. Restrepo, CM, Llanes A, Herrera L., Ellis E., Lleonart R., Fernández PL (2021) Gene expression patterns associated with Leishmania panamensis infection in macrophages from BALB/c and C57BL/6 mice. PLOS Neg Trop Dis 15(2): e0009225.
  5. Herrera L, Llanes A, Álvarez J, Degracia K, Restrepo CM, Rivera R, Stephens DE, Dang HT, Larionov OL, Lleonart R, Fernández PL (2021)Antileishmanial activity of a new chloroquine analog in an animal model of Leishmania panamensis infection. Int J Parasitol Drugs Drug Resist 14:56-61.
  6. Restrepo CM, Llanes A, Cedeño EM, Chang JH, Álvarez, J, Ríos M, Penagos, H, Suárez JA, Lleonart, R (2019)Environmental conditions may shape the patterns of genomic variations in Leishmania panamensis. Genes 10(11), 838.
  7. Restrepo CM, Llanes A, Lleonart R. (2017) Use of AFLP for the study of eukaryotic pathogens affecting humans. Genet. Evol. 63, 360-369.
  8. Restrepo CM, Llanes A, De La Guardia C, Lleonart R (2015) Genome-wide discovery and development of polymorphic microsatellites from Leishmania panamensis parasites circulating in central Panama. Vectors. 8, 527.

Publicaciones seleccionadas

Colaboraciones
  1. Rajeev S, Reed P, Llanes A, Jones R, Cushing A, Craig LE, Johnson B (2025) Infection caused by a cryptic fungal species, Blastomyces gilchristii, in a tiger. Acc Microb v1.
  2. Boya CA, Rodriguez C, Mojica-Flores R, Urrutia JC, Cantillo-Diaz V, Barrios-Jaen M, Ng MG, Pineda L, Llanes A, Spadafora C, Mejía LC, Gutiérrez M (2024) Antiprotozoal natural products from endophytic fungi associated with cacao and coffee. Metabolites 14(11):575.
  3. Rajeev S, Shiokawa K, Llanes A, Rajeev M, Restrepo CR, Chin R, Cedeño E, Ellis E (2020) Detection and characterization of Leptospirainfection and exposure in rats on the Caribbean island of Saint Kitts. Animals 10(2), 350.
  4. Shiokawa K, Llanes A, Hindoyan A, Cruz-Martinez L, Welcome S, Rajeev S (2018) Peridomestic small Indian mongoose: An invasive species posing as potential zoonotic risk for leptospirosis in the Caribbean. Acta Tropica 190:166-170.
  5. González Y, Doens D, Cruz H, Santamaría R, Gutiérrez M, Llanes A, Fernández PL (2018)A Marine Diterpenoid Modulates the Proteasome Activity in Murine Macrophages Stimulated with LPS. Biomolecules 8(4), 109.
  6. Larson CR, Dennis M, Nair RV, Llanes A, Peda A, Welcome S, Rajeev S (2017) Isolation and characterization of Leptospira interrogans serovar Copenhageni from a dog from Saint Kitts. JMM Case Rep. 4(10), e005120.
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Dr. Alejandro Llanes

Máximo grado de estudios: Doctorado en Biotecnología Universidad Acharya Nagarjuna/INDICASAT-AIP

Categoría: Investigador

Información de contacto:

Correo: allanes@indicasat.org.pa

Hoja de Vida en español del Dr. Alejandro Llanes

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